Σε σπάνιές περιπτώσεις κάποια δόντια ενώ έχουν υποβληθεί σε επανάληψη της ενδοδοντικής θεραπείας συνεχίζουν να έχουν συμπτώματα.

Κύρια αιτία είναι η αδυναμία απομάκρυνσης του κατεστραμμένου η νεκρωμένου πολφού απο την πολύπλοκη μορφολογία του εσωτερικού του δοντιού.

Σε αυτές τις περιπτώσεις, ανασηκώνονται τα ούλα για να αποκαλυφθεί η ρίζα και να καθαριστεί η περιοχή με τη φλεγμονή στο οστό και η ρίζα που είναι αδύνατον να καθαριστεί με τον συντηρητικό τρόπο. Η ρίζα εμφράσσεται με τη βοήθεια ειδικών υλικών και επαναφέρονται τα ούλα στην αρχική τους θέση με ράμματα.

Σε περίπτωση αποτυχίας και αυτής της θεραπείας, η μόνη λύση είναι η εξαγωγή του δοντιού.